Sejarah panjang Yakuza dimulai kira-kira pada tahun 1612, ketika Shogun Tokugawa berkuasa dan menyingkirkan shogun sebelumnya.
Pergantian ini menjadikan kira-kira 500.000 orang samurai yang sebelumnya disebut hatomo-yakko (pelayan shogun) menjadi kehilangan tuan, atau disebut sebagai kaum ronin.